上海海洋大学历经100多年的发展，学科专业有了很大拓展，实现了从单一学科向多学科的转变，形成了以海洋、水产、食品学科为特色的覆盖农、理、工、文、经、管、法等学科大类的本科专业体系。截止2020年设置本科专业45个（含独立设置专业方向）。
学院 | 本科专业名称 （英文） | 授予 学士学位 | 学科门类 及专业大类 | 备注 |
水产与生命 学院 | 生物技术 （Biotechnology） | 理学 | 理学 生物科学类 | 上海市一流本科专业建设点 |
生物科学 (Biological Science） | 国家级一流本科专业建设点国家特色专业 上海市教育高地 上海市优秀专业 | |||
生物科学(海洋生物) (Biological Science-Marine Biology) |
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水族科学与技术 (Aquarium Science and Technology) | 农学 | 农学 水产类 | 国家级一流本科专业建设点
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水生动物医学 （Aquatic Animal Medicine) |
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水产养殖学 （Aquaculture） | 国家级一流本科专业建设点 国家特色专业 上海市教育高地 国家和上海市本科专业综合改革试点专业 上海市属高校应用型本科试点专业 | |||
海洋科学学院 | 海洋渔业科学与技术 （Marine Fishery Science and Technology） | 农学 | 农学 水产类 | 国家级一流本科专业建设点 国家特色专业 上海市教育高地 上海市属高校应用型本科试点专业 |
海洋技术 （Marine Technology） | 理学 | 理学 海洋科学类 | 国家级一流本科专业建设点 上海市教育高地 | |
海洋科学 （Marine Science) | 上海市一流本科专业建设点 | |||
海洋资源与环境 （Marine Resources and Environment） |
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食品学院 | 食品科学与工程 （Food Science and Engineering） | 工学 | 工学 食品科学与工程类 | 国家级一流本科专业建设点 国家特色专业 上海市教育高地 |
食品质量与安全 （Food Quality and Safety） | 上海市一流本科专业建设点 | |||
能源与动力工程 （Energy and Power Engineering) | 工学 能源动力类 | 上海市一流本科专业建设点 上海市教育高地 | ||
建筑环境与能源应用工程 （Building Environment and Energy Engineering) | 工学 土木类 |
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包装工程 （Packaging Engineering） | 工学 轻工类 | 上海市属高校应用型本科试点专业 | ||
生物制药(Biopharmaceutical) | 工学 生物工程类 | 上海市优秀专业 | ||
海洋环境与生态学院 | 环境科学 （Environmental Science） | 理学 | 工学 环境科学与工程类 | 上海市一流本科专业建设点 |
环境工程 （Environmental Engineering） | 工学 |
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生态学 (Ecology) | 理学 | 理学 生物科学类 |
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经济管理学院 | 金融学 （Finance） | 经济学 | 经济学 金融学类 |
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国际经济与贸易 （International Economics and Trade） | 经济学 经济与贸易类 |
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物流管理 （Logistics Management） | 管理学 | 管理学 物流管理与工程类 | 上海市教育高地 上海市属高校应用型本科试点专业 | |
市场营销 （Marketing） | 管理学 工商管理类 |
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会计学 （Accounting） |
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工商管理（食品经济管理） （Business Administration-Food Economy and Management） | 上海市教育高地 | |||
农林经济管理 （Agriculture and Forestry Economics and Management） | 管理学 农业经济管理类 | 国家特色专业 上海市一流本科专业建设点 上海市教育高地 | ||
工程学院 | 机械设计制造及其自动化 （Mechanical Design, Manufacturing and Automation） | 工学 | 工学 机械类 |
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电气工程及其自动化 （Electrical Engineering and Automation） | 工学 电气类 |
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物流工程 （Logistics Engineering） | 管理学 物流管理与工程类 |
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工业工程 （Industrial Engineering） | 管理学 工业工程类 |
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测控技术与仪器 （Measurement and Control Technology and Instrument） | 工学 仪器类 |
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机器人工程 （Robotics Engineering） | 工学 自动化类 |
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信息学院 | 信息与计算科学 （Information and Computing Science） | 理学 | 理学 数学类 |
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计算机科学与技术 （Computer Science and Technology） | 工学 | 工学 计算机类 | 上海市一流本科专业建设点 | |
空间信息与数字技术 （Geospatial Information and Digital Technology） | 国家级一流本科专业建设点 上海市属高校应用型本科试点专业 | |||
软件工程 （Software Engineering) |
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数据科学与大数据技术 （Data Science and Big Data Technology） |
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海洋文化与法律学院 | 行政管理（Public Administration） | 管理学 | 管理学 公共管理类 |
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社会工作（Social Work) | 法学 | 法学 社会学类 |
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文化产业管理 Cultural Industry Management | 管理学
| 管理学 工商管理类 |
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外国语学院 | 英语（English） | 文学 | 文学 外国语言文学类 |
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日语（Japanese） |
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朝鲜语（Korean） |
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爱恩学院 | 信息管理与信息系统 (Information Management and Information Systems） | 管理学 | 管理学 管理科学与工程类 | 中外合作办学 |
市场营销(国际商务) （Marketing） | 管理学 工商管理类 |