根据《上海市教育综合改革领导小组办公室关于同意备案<上海海洋大学深化综合改革方案（2015-2020年）>的通知》（沪教综[2015]30号），学校《深化综合改革方案（2015-2020年）》通过市教委核准并备案，并开始正式实施。
学校《深化综合改革方案（2015-2020年）》编制工作自2015年3月正式启动，在广泛听取、征求各方意见和建议的基础上，经过学校领导和学院、职能部门的多次研讨，立足学校发展现状和瓶颈问题，聚焦“深化”和“综合”两个要素，“突出创新点、理顺交叉线、夯实基本面”，全面推进方案编制工作，于7月份完成方案文本,并上报市教委核批。主要内容包括“完善学校治理体系，推进现代大学制度建设”、“完善学校立德树人、德育教育工作系统”、“创新人才培养模式改革、提高人才培养质量”、“加快对外交流与合作，提升学校影响力与竞争力”、“深化科研机制改革，提升知识创新与知识服务能力”、“深化人事分配制度改革，激发教职员工队伍活力”、“推进资源配置与保障体系改革，增强办学实力”等七个方面，共计34项具体任务举措。
在上海市教育综合改革领导小组办公室的通知中，对我校的方案进行了充分肯定，认为“学校《综改方案》的改革思路、重点任务、保障措施等思路清晰、举措明确，为学校编制实施‘十三五’规划、实现学校中长期发展目标提供了有力支撑”，并就学校《综改方案》的推进落实工作提出了具体的指导意见。
学校将根据上海市教育综合改革领导小组的意见，分年度制定落实工作计划、细化改革措施、明确各项改革的时间表、路线图和责任人，全面落实和推进综合改革工作。